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最终，一场大战不可避免的发生在了双方之间，而战场正是那个位置非常关键的地方----起点星。以威廉。彼得森为首的位十海盗成员。
纠集和大量的中小海盗势力，出动了超过18000艘战舰的庞大舰队，向起点星发起了攻击。而陈磊这边，则是以三位女海盗为首的一派势力，和陈磊的联合舰队为主，战舰总是大约在10000艘左右。
在舰队实力上，威廉。彼得森一伙明显的占据着优势地位，陈磊不得不依靠着起点星，来进行固守。利用起点星地大威力要塞武器来防守。双方之间的战斗从一开始就是及其激烈和残酷地，几乎每天都有上百艘的战舰在不断的损耗着。
这场战争整整持续了有近一个月。双方都打的筋疲力尽，整个起点星已经被炸的满目疮痍了。双方却都没有办法获得决定性的胜利。
就在这个时候，一支新的势力加入战斗，彻底地打破了双方之间地平衡，那就是由天龙星系的卡特大将带领地联邦舰队。这支由6000艘战舰组成的舰队，及时的出现在了起点星外，并且配合陈磊向威廉。彼得森一伙的海盗，发起了攻击。
在两支舰队的夹击之下。威廉。彼得森的联军阵型出现了一些略微的松动。就在关键的时候。威廉。彼得森的联军内部，位于后方一些位置的一支舰队。突然倒戈，从后方向着海盗舰队发起了攻击。
攻击海盗后方的是十海盗之弗朗西斯。德雷克的舰队，这个看上去像是落魄军人的海盗，原来是联邦安排到混乱星系的一个间谍。刚开始的时候，他的任务仅仅是收集情报，只是连联邦政府派他来的人都没有想到，这个家伙做海盗居然能做的这么好。
于是在联邦政府的支持下，弗朗西斯。德雷克成为了十海盗之一，并且获得了威廉。彼得森的信任，在最终关键的时候反戈一击，发挥了巨大的作用。
在来自三面夹击的情况下，整个海盗舰队彻底的崩溃了，包括威廉。彼得森和铁钩船长在内的无数海盗都葬身在了银河中，整个舰队损失超过了80%以上。
获得了这场胜利之后，联邦政府的军队并没有继续攻击混乱星系，而是撤回了天龙座星系。卡特大将在战后和陈磊见面的时候说，他对于混乱星系没有任何的兴趣，他的目的只是击败十海盗的舰队，让他们没有精力来进攻天龙座星系，能够让他在天龙座星系稳定的发展。
并且他还和陈磊约定，由陈磊来把手混乱星系的出口，他在天龙座星系发展，而陈磊则在混乱星系发展，谁都不干扰谁。当然了，这听着像是盟约的说法，却是非常不公平的，陈磊根本没有任何的选择，毕竟对方的实力摆在那里。
卡特大将也没有将陈磊当成是平等的伙伴。对于卡特大将的话，当时陈磊并不是非常的理解，毕竟对方已经是天龙座星系的最高指挥官了，还能有什么发展。一直到战后的第3个星期，这个谜底才揭穿了。
一条系统的通讯传来，说的是一名叫天涯独行的人族玩家，成功的刺杀了虫族母皇，虫族的中心政府陷于瘫痪。之后的一段时间，整个游戏都开始渐渐的走向了混乱。原本三大种族是三个强大的国家，各个种族的政体也都是有着极大区别的。
虫族是完全的君主****国家，由母皇来控制它培育的小母皇们，再由这些小母皇来控制等级更低的其他兵力，这是一种真正意义上的至上而下的精神统治。
绝对的稳定性也使得虫族的内部斗争几乎不存在，也是三大种族中战斗力最大的一个，能够同时给予人神两族以巨大的压力。
不过现在随着虫族母皇被刺杀了，它又没有任命继任者，所以由母皇控制的下一个层次的几百名小母皇，一下子就失去了控制他们的人，这也使得虫族很快就进入了混乱的内战中。
就在虫族进入混乱的内战局面时，人族和神族却并没有抓住机会，发起对于虫族的攻势，反而自己的内部也出现了问题。神族原本实行的是王国联合制，自己本族内部就矛盾重重。
而人族这边，长期的战争也使得原本实行民主联邦制度的国家，又产生了无数的手握军权的元帅将军，各星系自己有着一定的自主权，相互之间相对还是比较独立的。
这两个种族原本在虫族的巨大压力下，还能保持一致对外，而现在失去了外在压力的同时，也使得他们的内部出现了分裂。
原来当初卡特大将早已经知道了，联邦政府即将崩溃。而陈磊也非常的明白，这就是游戏的一个剧情升级，消除游戏中最强大的三个势力，让整个游戏的发展可以回到玩家的控制之中。
经过了这个升级之后，整个游戏重新进入了混乱的局面。原本受到系统保护的玩家基地，不再具有保护。玩家与玩家之间、玩家和npc势力之间、npc势力和npc势力之间，都开始了兼并战争的时期。整个银河进入了混乱的战国时代。
而在这个时候，陈磊也开始动了起来，他联合了三位女海盗为主的势力，共同开始了混乱星系的统一战争，并且将以此为基点，向外扩张。
（大结局）