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“现在我就是你爸爸。你是个聪明懂事的孩子，爸爸今天带你去看大军舰，如果你不听话，我就会杀了你妈妈，你要想再见到你妈妈，就乖乖听话，出去之后不要乱跑，更不能乱说话。明白了吗？”
“我知道了。勇气会听话的，求求你别伤害我妈妈。”“勇气真是好孩子，只要你听话，晚上就能见到你妈妈了，现在你要叫我爸爸，明白了吗？”
“是，爸爸。”舞鹤港海自卫基地，舷号170的穗高号正停泊在码头上。前来观摩演习的民众都在排队等候上舰。
广播里循环放着提示：“请大家出示邀请函，将随身携带的包打开，让里面的东西都看得见。行动电话等通信设备禁止上舰，请大家交给安保人员保管，下舰时还给大家。”
柯南将邀请函递给安检员，安检员刷了下邀请函上的二维码，旁边的显示器上立刻跳出该邀请函的受邀民众照片，安检员看了眼柯南和小男孩，问柯南雨宫琴音怎么没来。
柯南说他妻子昨天身体不舒服，所以今天不能来观摩演习。安检员没有怀疑柯南，请柯南上舰。时间回到清晨五点。当柯南抱着雨宫琴音的美妙身体狠狠发泄的时候，他的同伴竹川正在若狭基地外等待笹浦洋介的信号，以确定最后的行动方案。
竹川收到信号后便开始准备行动，笹浦洋介却被巡逻的地方海保队员仓田发现，为了躲避海保队员的盘查，笹浦洋介不小心失足坠崖，掉进了海里。仓田绕到悬崖下去查看，发现了藏在山谷海湾间的不明船只，这艘船正是竹川用来准备执行第一方案的船只。
仓田上船检查，发现船上有炸弹，立刻向上级汇报了这一情况。柯南从口袋里拿出一张透明的塑料纸，将纸放在了上舰时发放的“观摩指南”上，塑料纸和指南上的甲板示意图重合，柯南就知道舰长室的具体位置，还有笹浦洋介通过后勤补给带上穗高号的其他物品所放置的舱室。
按照计划，柯南会在得到情报离开军舰后将军舰炸毁，掩盖他窃取机密的行为。柯南记下放置炸弹的舱室位置，牵着小男孩的手在军舰上参观起来，突然，一名女性自卫官引起了柯南的注意。
柯南有些不相信自己的眼睛，拉着小男孩从那名女性自卫官身边走过，只见那美女自卫官戴着白色军帽，上身是深绿色的制服，里面穿着白色的衬衣，系着深绿色的领带，下身是短裙和肉色的丝袜，脚上穿着一双两三公分高的皮鞋，看起来英姿挺拔。没错，是她。
柯南想到三年前在美国执行任务时发生的事情。一名美籍亚裔女特工冒充接头人和他见面，柯南上了当，差点就被美国cia的特工抓住。
尽管美女自卫官胸部饱满，穿着制服的样子充满了别样的诱惑，此刻柯南却没心思去看美女自卫官的胸部是否性感漂亮，目光从贴在美女自卫官胸口的级别资历章上扫过。一等海佐？柯南吃了一惊，这是这个女人的真实身份吗，竟然和舰长同级。
显然，如果没有特殊情况，舰上不会出现和舰长同级的军官。这女人是cia的特工，上舰来是为什么？
难道笹浦洋介已经暴露，这女人是来抓捕他的？不对，如果笹浦洋介已经暴露招供，他的身份也已经泄露，这时候早就被军舰上的安保人员抓住了。
在靠近演习的海边发现装有爆炸物的船只，而且该船只来自中国。这情况让藤井七海极为关注，有迹象表明，一等海尉笹浦洋介已经被他国谍报人员策反。
只是目前找不到笹浦洋介叛变的证据，这时候出现不明船只，难道是想破坏这次演习？美女自卫官锁着眉头，看着在舰船上走动的观摩民众，丝毫没有怀疑从她身边走过的柯南。
观摩演习的民众聚集在餐厅里听舰上的军官讲解条例，哪些地方是对民众开放的，哪些地方是禁止民众进入的，让观摩民众予以配合。到了自由活动时间，柯南便让小男人呆在甲板上别乱跑，他借口上厕所去安放炸弹。
笹浦洋介提供了详细的资料，在什么位置安装炸弹能确保炸沉穗高舰。一切进行的很顺利，柯南回到甲板，带着小男孩一起去控制室看即将进行的演习。
前来控制室看演习的人很多，谁在谁不在也没人注意。等预定的演习结束，柯南就离开了控制室，躲在舰长室外通道尽头的角落里。
没多久，舰长就匆匆离开了舰长室，赶往cic控制室。柯南抓住时机潜进了舰长室，打开了舰长的电脑，在拷贝绝密资料的时候，柯南将一颗定时炸弹装在了旁边的柜子里。
很快，外面传来炮击的声音，一枚鱼雷从船头的发射管射出，将佯装攻击的船只掀出了水面。柯南将战斗数据全部拷贝下来，离开了舰长室。回到cic控制室，众人都在兴奋地讨论著刚才的演习。
藤井七海和舰长等人却是皱着眉头，他们有理由怀疑，这并不是巧合。这几天并没有大风暴，一艘倾覆的海难船没有下沉，而是顺着洋流飘到了神盾舰演习的航线上，这可能吗？
一名军官过来向舰长报告，舰上发现了笹浦海尉的断臂，卡在舰船的注排水滤网上。藤井七海和舰长听了都大吃一惊。笹浦洋介已死，还在舰上发现了断臂，难道间谍x已经潜入军舰了？
隔得太远，柯南不知道发生了什么事情，但从美女自卫官和舰长的表情来看，应该是发生了大事情。
柯南准备好了一个伪装成黑色扭扣的小窃听器，待美女自卫官和舰长走过来，他便推了下小男孩，小男孩站不稳，正好撞在藤井七海的大腿上。美女自卫官见小男孩撞在她大腿上，立刻停下了脚步。
“勇气，你又晕船了吗？”柯南“焦急”地俯下身去，正好用身体挡住了众人的视线，将窃听器粘在藤井七海的袖口上。“嗯，我头晕。”小男孩看着柯南凶恶的眼神，点头回答。
“我们到甲板去吧，大家都去看大炮了，我们也去。真对不起，给你添麻烦了。”柯南将小男孩抱起来，向美女自卫官表示歉意，带着小男孩去了甲板。有小男孩做掩护，藤井七海没有怀疑柯南的举动，和舰长一起去了摆放笹浦海尉断臂的舱室。
前来观摩演习的名侦探毛利小五郎受邀去那里查看断臂。初部推断，笹浦洋介的断臂是死后被吸入注排水装置时卡断的，具体情况还要送到警视厅去检查。
舰长怕引起民众恐慌，不想动用直升机送断臂去警视厅。毛利小五郎身边一个小学生突然说他好像看直升机起飞的样子，众人便想到用演习的名义让直升机起飞。
待众人散去，藤井七海对舰长说道：“立石舰长，据我们之前的调查，笹浦洋介跟一个叫竹川的中国人有交往，我们已经取得了竹川的影像，如果竹川就是x的话，说不定他已经取得了神盾舰的机密资料离开，所以才杀了笹浦洋介灭口。”
“如果资料外泄，将对我国国防产生重大危害。藤井一佐，请你立刻联系防卫厅，全面抓捕竹川。”
柯南站在甲板上装着听音乐，实际上在听藤井七海和舰长的谈话。让他没想到的是，笹浦洋介已死，竹川也暴露了。
不过对柯南来说，现在的情况反而对他有利，只要藤井七海和舰长怀疑竹川是x，他才更安全。现在最重要的是不能让防卫厅抓到竹川。“叔叔，你是勇气的爸爸吗，刚才船晃动的时候你没和勇气在一起。”一个小学生站在小男孩身边问柯南。
柯南看了小男生一眼，发现这个日本小学生和他小时候有几分相似，大概上小学三四年级了，戴着一副眼镜的样子看起来很有智慧。“那时候我去厕所了，所以没和勇气在一起，勇气，我们去那边的炮台拍照吧。小朋友，再见。”
柯南对着小男生笑了笑，拉着小男孩去炮台那边拍照，又带着小男孩转到了厕所里，让小男孩呆在厕所隔间别走，他去联系竹川。
一架直升机停在了甲板上，从机上下来几人，警视厅的目暮警部和佐藤美和子、高木涉两位警官，还有两位地方海保人员，发现可疑船只的仓田和他的上司。
四人和立石舰长见面之后就到了控制室去讨论案情。笹浦洋介的尸体在船厂附近被发现，经判定是入海死亡后被游船带到船厂附近，再被海浪冲上岸的。
再加上神盾舰上发现笹浦洋介的断臂，神盾舰极有可能是案发第一现场，所以警视厅派了目暮带人上舰调查，虽然笹浦洋介已经死亡很长时间，穗高号也从基地驶到了演习海域，立石舰长还是带着众人在舰上展开搜查。
藤井七海在导弹发射井旁的甲板上发现了笹浦洋介的手机，正当藤井七海要仔细查看的时候，高木等人也到了那边，匆忙间，藤井七海拔下了手机记忆卡，将手机留在了发射井盖上。
藤井七海趁着众人被笹浦洋介的手机吸引，独自一人去舰长室，长现舰长室的密码门锁被破坏了，美女自卫官感觉不妙，掏出手枪悄悄进了舰长室。
对整件事情好奇，又怀疑美女自卫官身份的工藤新一尾随藤井七海进了舰长室，发现美女自卫官查看舰长的电脑，并将记忆卡插在了电脑上。