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“没错，怪盗基盗的真实身份就是我。喂，你怎么了，难道这么长时间不见，你不记得我的长相了吗？”不可能，新一怎么可能是怪盗基德呢。
毛利兰用力摇了摇头道：“别逗我笑了，你最擅长的就是易容。”毛利兰用力拉着怪盗基德的脸颊，怪盗基盗忍不住叫起来：“好痛！”毛利兰松开手，不可思议看着基德：“是真的？”
“当然了，我原本就是这张脸。”“不对，以前假冒新一教我飞机迫降，警部也扯了他的脸，也没扯下什么东西来，是不是你们本来长得就像？”
这时候中森警部带着部下上了观景台，毛利兰正要把基德交给中森警部，基德突然说出了毛利兰小时候把飞艇当作幽浮的事情。毛利兰完全惊呆了，眼前的男人真是新一？“对于现在的你来说，我就像一个神秘的外星人。
其实我是为了调查一件事情才装扮成基德的，等我解开迷题，就会把宝石还给铃木顾问。我名侦探工藤新一为了调查案子，可是装扮成了大盗呢，我还以为小兰能理解我。”“新一，我”毛利兰看着怪盗基德，不知道怎么办才好。中森警部过来问毛利兰有什么事情，毛利兰摇了摇头。中森：“如果你察觉到有什么不对劲的事情，请立刻通知我们。”毛利兰立刻说道：“什么都没有。”基德听了，心头暗喜，总算搞定了这个女人。
“是我误会了，对不起。”毛利兰对服务生装扮的基德鞠了个躬，拉着基德离开了观景台。怎么回事，新一就是怪盗基德，他一直说在忙着查案，其实都是跪去当小偷了吗？
毛利兰并不完全相信基德的话，她更相信基德就是新一。回到客舱走廊，基德已经变回来原本服务生的模样。两人正要说话，女记者西谷霞从吸烟室上来，基德向女记者行了个礼，女记者看了毛利兰一眼，错身而过。
基德向毛利兰行礼道别，毛利兰看着基德的背影，心里一团乱麻，突然，一双手抓住了毛利兰的手臂，手利兰挥手回击，女记者西谷霞立刻摆手道：“停，不愧是空手道关东大赛冠军，比你父亲毛利大侦探更厉害。
股肉练得真是结实，我要像小兰这样厉害就好了。”毛利兰感觉被西谷霞抓过的手臂有些痒，忍不住抱住了双臂，呆呆地看着西谷霞离开。到了午餐时间，大家在餐厅里用餐，铃木次郎吉正在和中森警官讨论宝石安全问题。
突然接到了一个匿名来电，一个神秘人在电话里告诉铃木次郎吉，他已经在吸烟室里散布了杀人细菌，铃木次郎吉和中森警官听了，脸色大变。
警察到吸烟室检查，果然如神秘人所说，在沙发下面发现了打开的安瓿瓶，瓶上还有红暹罗猫的标记，和遗落在东京微生物研究所的瓶子一样，中森警部立刻召集众人到餐厅，宣布封锁吸烟室，检查有没有人感染。很快，众人发现西谷霞身上起了很多红疹子，正是感染了杀人细菌的症状。
摄影师石本顺平说道：“西谷记者刚才去吸烟室吸烟了，肯定是感染了杀人细菌。”“我身上好痒，好难受我不想死啊警官救救我。”
西谷霞的脖子上，手臂上，脸上全是吓人的红斑，她一边抓着脖子一边向中森警部走去。站在中森警部身边的人一下子都散开了，毛利兰见西谷霞还在靠近，不得已将西谷霞击倒在地。
“小兰，你的手最好马上去消毒。”“往这边，配膳室有消毒的酒精。”一名短发服务生向毛利兰指路，毛利兰立刻去了配膳室。中森警部：“这里还有没有去过吸烟室了？”
另一名女服务生惊叫一声，倒在了地上。她的胳膊上也起了疹子，又去了吸烟室，以为自己感染了杀人细菌，吓晕了过去。因为餐厅出现了两位感染者，中森警部让大家都去休息室，只有毛利小五郎喝多了趴在桌上呼呼大睡。
柯南突然想到元太离开餐厅的时候，那名感染细菌的服务生对着元太打了个喷嚏，立刻去找元太等人。元太三人探索飞艇的构造去了。
柯南在飞艇上层甲板上找到了元太等人，让柯南感觉到困惑的是，去过吸烟室，又被服务生对着打喷嚏的元太身上并没有感染细菌的症状。
就在这时候，柯南等人看到一个神秘的人影从高处下来，朝着下面的客舱走去。柯南调节眼镜，放大了人影，看不到对方的脸，但从身影看是个女人。
这个女人穿着特别的衣服遮住脸干什么？柯南带着其他个孩子走到了女人出现的地方，原来那里有一道梯子直通飞艇顶部的紧急出口，几个黑衣人正从梯子上滑下来。
柯南立刻明白，刚才那个神秘女子是是红暹罗猫团伙的成员，上来打开了这个紧急出口的锁扣，接应其他劫匪进飞艇。柯南第一感觉便是怀疑西谷霞，立刻通过侦探徽章问灰原哀，女记者西谷霞在哪里。
“那名女记者感染了细菌，已经和同去吸烟室吸过烟的女服务生一起被隔离了，柯南，发生了什么事情？”灰原哀正在冲马桶，听到柯南的呼叫，便坐在马桶上和柯南讲话。
“有个女人打开了顶部的紧急通道，几个恐怖分子冲进来了，你们要小心。”“你说有个女人是恐怖分子，还放了其他匪徒进来？我立刻去通知中森警部，你们几个也要小心些。”灰原哀打开门。
只见门外站着那个短发女服务生。“你们几个小鬼还挺机灵的嘛，交出来吧。”女服务生一把抢过了灰原哀的徽章，扔在地上踩了个粉碎。
客舱里，头戴面罩的黑衣人很快控制住了飞艇，将所有人都集中到了餐厅，没收了所有人的手机。柯南等人不知道客舱那边的情况，看到黑衣人在飞艇里装炸弹，和元太等人一起将四个炸弹全拆了。
黑衣人控制客舱后，首领就命人去搜查柯南等人。没有防备的柯南等人全都被抓了起来，看到安装的炸弹被四个小鬼拆了下来，黑衣人首领极为恼火，柯南走在前面说道：“炸弹都是我拆的，跟他们没关系。”
“小鬼，你胆子不小嘛。想当英难，我就成全你。”强壮的黑衣人首领一把抓住了柯南的领子，将柯南拎了起来，在众人的惊叫声中，打开观景窗将柯南扔了出去。
柯南没想到黑衣人首领会做出这么极端的举动，竟然没有任何警告就把他从窗户里扔出去了，可恶，难道自己受到了诅咒，上次执行任务夫败，从百米多高的直升机上跳下去。
竟然被尾翼击中，死在了海上。灵魂好不容易进入这个小学生的身体，现在又被人从飞艇上扔下去。
这么高，就算掉到海里也是必死无疑啊。他还想着打败那个神秘的灵魂，让自己变得强大，完成他以前没有完成的事情，现在却又到了生死关头。
柯南努力保持着平衡，伸展开身体，让自己下降的速度变慢。“柯南！”毛利兰见柯南被扔出窗户，立刻跑到了窗户边。
“危险，让开！”一直躲在柱子后面的基德推开了毛利兰，纵身跳出窗户。众人都趴在窗边，紧张地看着在空中急速往下掉的柯南和基德。柯南不知道基德在飞艇上，以为自己必死无疑的时候，突然有人抓住了他的身体。柯南回头看，竟然是艇上的服务生，当然。
这时候柯南已经知道对方是基德装扮的。基德抓住了柯南，冲进云层里，再从云层出来的时候，基德已经换成了他招牌式的白色风衣，打开滑翔伞在空中飞翔，原本精神紧张的众人在船舱里欢乎起来。
铃木园子又露出了花痴的模样，双手捧着胸口说道：“真不愧是基德大人！”就连基德的死对头铃木次郎吉也忍不住赞叹道：“虽是敌人，却值得钦佩。”
黑衣人首领看着基德在下面飞过，哈哈大笑起来：“基德果然潜了进来，现在好了，麻烦人物都清理光了。”柯南被基德抱着在空中飞，问基德为什么要救他。“我虽然是个小偷，但是个很有爱心的小偷，可不想看着你这样的小弟弟掉海里淹死。
那些家伙还真可恶，居然会把你从窗户里扔出来，他们肯定猜到我混进了飞艇，怕我影响到他们的计划，所以用这个办法将我引出来吧。小弟弟，现在你要去哪里？”
“当然是飞回去，我一定要阻止他们的犯罪计划。”柯南想到黑衣人首领的残暴，知道飞艇上面的人会很危险。其他人他到不在意，毛利兰和四个小伙伴还在上面，他可不想这些人丧命。基德抱着柯南飞到了飞艇上方，柯南要去对付黑衣人，基德却没有兴趣去帮他，两人就分开了。
柯南看到黑衣人在观景台上放烟，对黑衣人的举动大为奇怪，很显然，黑衣人只是想让飞艇更醒目，并没有真的放杀人细菌，其目的是想让看到飞艇的人更加恐慌。
柯南打电话给关西的高中生侦探服部，问服部地面的情况，服部告诉柯南，下面已经乱成一团，奈良和大阪的民众都争先恐后往西赶，整个奈良都要空了。
柯南把艇上的情况告诉服部，黑衣人团伙的目的并不是要袭击铃木财团在大阪的总部belltree塔。
而是要造成奈良县民众的恐慌，将奈良县变成一座空城，他们的真正目的就是为了盗取奈良县豪福寺里面国宝级的佛像。“不愧是工柯南，竟然识破了犯罪团伙的阴谋，我马上赶去豪福寺，将盗贼一网打尽。”