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西历2000年9月13日。“第二次冲击”发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。当时海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解几日内，世界人口锐减了二分之一南极，成为了宁静的残亡地域。
人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。饱受了惊惶与疲劳的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为“第二次冲击”（secondimpact）。
第二次冲击发生于2000年，原因是由于人类对位于南极大陆深层的白之月中沉睡的亚当（adam）进行接触实验的过程中，因实验情况失去控制导致亚当（adam）苏醒并释放其力量。
引起南极地区大爆炸，海平面上升，地轴偏转，大部分地区季节发生变化，日本则成为了终年只有夏天的炎热国度。据说在”第二次冲击”发生之后，负责勘探灾难地点的国联军发现了令人惊叹的，稍微有些残缺的“死海文书”
据说该书中记载的内容包括文书自身的来源、一个名为关于生命之树、隆基努斯枪和加福之所的启示，以及被称为”使徒”
们将在十五年后来到人类世界的预言。另外，除了上述内容，文书中貌似还记载了将在十五年后，世界发生”第三次冲击”的预言。
不过关于“死海文书”的流言，国联军官方始终在极力否认该文书的存在，对于一些学者提出的“第三次冲击”将完全覆灭人类文明的看法也嗤之以鼻。
久而久之，刚刚从大灾难中幸存下来的人们，已经只顾得上投身于艰难地重建生活之中，慢慢忘记了去追究“第二次冲击”的缘由，也逐渐淡忘了那些被官方认定为”危言耸听”的，关于“第三次冲击”的预言。
西历2002年国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成“第二次冲击”的真实原因却无人知晓。
不过现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，在一些依旧固执己见的专家之间流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。
也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。另外“第二次冲击”的唯一幸存者，日本裔少女葛城美里由于受到极度惊吓而陷入自闭状态，并被国联保护。
西历2003年人类进化研究所正式成立在日本箱根地区，日本学者碇源堂担任所长。京都大学的冬月幸增教授应学生碇唯之邀，答应假如人类进化研究所，协助碇源堂，与此同时，由国联授权的秘密计划-“人类补完计划”开始由人类进化研究所秘密实施。
该计划中又包括复原原始形态亚当的“亚当计划”和制作人形兵器的“e计划”在“e计划”的设计中，一种被称为eva的人形兵器开始在箱根地区秘密制造。
西历2004年在被称为eva零号机的启动仪式之中发生重大事故，人类进化研究所研究员碇唯在试验中失踪，她和研究所所长碇源堂年仅3岁的幼子碇真嗣亲眼目睹了母亲死亡。妻子死亡之后，人类进化研究所所长碇源堂开始加速“人类补完计划”的实施速度。
西历2008年人类进化研究所高级技术长赤木尚子博士开发出具有跨时代意义的“magi”系统理论基础，同年，尚子博士的女儿，毕业于第二新东京市第二东京大学的赤木律子追随母亲加入了人类进化研究所。西历2010年拥有三位一体思考功能的超级电脑“magi”宣告完成建设。
不过开发者赤木尚子博士却在开发成功之后自杀身亡。据业内人士传言，尚子博士在自杀前曾亲手掐死了一个研究所内的幼女，这也让尚子博士蒙上了畏罪自杀的嫌疑。
同年，人类进化研究所在秘密组织seele（同灵）的授权下，正式改名为nerv（神经元），seele组织最高领导基路为最高掌权者，碇源堂担任司令，冬月幸增担任副司令。
成为了拥有超法规武装eva人形兵器，并随时准备着五年之后可能到来的“第三次冲击”
在之后的几年中，在seele组织的支持下，nerv成为了全球拥有九个支部，总部位于日本第三新东京市，旗下拥有两部被称为eva的秘密兵器的绝密武装组织。
西历2015年在破损死海文书中记载的使徒终于降临于日本第三新东京市，而在国联军常规兵器一概不奏效的情况下，nerv组织终于出动了秘密兵器eva初号机，并在防卫作战中大破代号为“水天使”的巨大怪物萨基尔，成功地挽救了濒临被完全破坏的第二新东京市。
地点：nerv总部司令室。在位于nerv总部最深处的司令室里，在绘有生命之树图案的天花板和地板之间，司令碇源堂正在和副司令冬月下着象棋。
“将军”留着浓密的络腮胡子，带着具有度数的近视墨镜的碇司令，在将一颗棋子放在对手咽喉部位之后，低沉的嗓音说着惜字如金的两个字。
“哎呀我输了今天真是状态不好，连续两盘都输给了你啊”在碇司令的对面，头发已经花白的冬月副司令，慈祥的脸上露出了无奈的苦笑。
“冬月你今天有点心不在焉吧。”看到冬月从座位上站起身，知道对方即将离开的碇司令，恢复了自己最喜欢的，双手合十托住腮帮的姿势。
“可能吧老实说有点难以置信，三天前我们还在吞没的智慧之果还受到严重的威胁，三天之后你我竟然可以在此悠闲地下下棋”站起身来的冬月，并不着急迈步离去。
而是站在原地，若有所思地抬头看着天花板上的生命之树图案。“胜利是必然的，我们nerv就是为了现在这段时间才成立的与其思索过去，不如考虑如何应对之后的使徒们吧。”
“是啊神的使者近似于完美的生物还要来十三个啊”看到自己的老搭档，过去曾经身为自己学生的碇源堂，如今已经成长到，就算击败使徒都能宠辱不惊，冬月再度苦笑了一下，暗自感叹着岁月不饶人。
“对了真嗣那个孩子不要紧吗？”走到司令室的门口，冬月似乎想起了什么，虽然没有回头，但是仍然在询问着背后的碇司令。
“放心吧，我已经安排葛城二佐去照顾他了”“近距离和使徒接触，又打开了彼此的绝对领域想必那个孩子如今很是辛苦吧”
“没关系现在这个时候，没有人有资格去娇气。”“是啊没有人能够喘息呢对吧唯”走出了司令室的大门，冬月副司令的脑海中却想起了已经去世多年，自己曾经最钟爱，甚至有些爱慕的学生碇唯。
或许是见到了唯的独子碇真嗣的缘故，让这个头发花白的老人，难得地有些多愁善感了。”唯三天之前，确实是你在保护真嗣君吧确实是你，这点我心里清楚
如果可能的话，也请你努力保护我们大家吧直到我们再度相见的那一天”当冬月副司令离开之后，nerv组织内最有威望的赤木律子博士，正从另一条小路，走向碇司令所在的房间。
作为年近三十的独身美女，律子博士并不像大多数从事科研工作，因此变得学究气浓厚，或者蓬头垢面的女性一般。
尽管每天也都尽心尽力地泡在实验室里，但律子博士却仍然保持着优雅的面貌，也被nerv组织内的其他后辈，戏称为组织内的“科学美女”
在一头染成金黄色的披肩短发之下，炯炯有神的一双眼眸，配上高挺的鼻梁，以及白皙的皮肤，让律子博士年近三十，却仍然光彩依旧。
带有个人鲜明特色的浓密眉毛，略微厚实但十分性感的烈焰红唇，加之眼角的一颗诱人的泪痣，则若隐若现地透着律子的带有些许强势，但却也成熟诱人的熟妇之美。